Muitas prisões por este mundo fora ainda aplicam politicas de segregação dirigidas aos reclusos infetados pelo VIH e ou com SIDA. Em tais lugares, aqueles que são testados à chegada do Estabelecimento Prisional ou que o diagnóstico já seja conhecido, estão detidos em alas diferentes dos restantes reclusos. No Alabama e na Carolina do Sul, nos EUA, a maioria dos presos que são portadores de VIH são obrigados a usar uma braçadeira ou um emblema que os identifique.

O Observatório Internacional dos Direitos Humanos afirmou que a segregação dirigida aos detidos infetados não só reflete politicas ultrapassadas como viola os direitos humanos. Para além disto, há também um risco grande de saúde pública nestes locais onde a segregação é aplicada, por exemplo, a possibilidade de surgir um surto de tuberculose. Colocar reclusos infetados pelo VIH em alas separadas dos outros reclusos não reduz a propagação de IST´s ou de outras infeções transmissíveis por via sanguínea, pelo contrário, tem poucos benefícios para a saúde e aumenta o estigma por parte dos outros presos e do restante pessoal da cadeia.
Felizmente, muitos países estão a reconhecer as consequências dos abusos aos direitos humanos que tais políticas trazem e, nesse sentido, tem-se verificado uma diminuição dessas políticas nas prisões. No entanto, para aqueles locais onde isso se verifica, os presos que vivem com o VIH vão continuar a ser submetidos ao estigma e à discriminação.